牛顿是早期基督教的一神论者，他相信耶稣高于众先知，耶稣是人间代行上帝之职，但耶稣不应与上帝具有同等地位。在很早期的生活中，牛顿就在三一学院里抛弃了所谓基督教认为的正统信仰，认为耶稣是上帝创造的凡人而不是上帝的化身。他完全反对古代权威的解释，而认为“三位一体”的教义应该是后来伪造的。为此还写过广泛的反三位一体的小册子。他曾揭穿教会三位一体说的造假。牛顿持反三位一体主张，因此，他不接受英国国教会的39条信纲（即国教会选定的39种宗教经典），甚至多次拒绝接受神职。除了反三位一体，他还反原罪，赎罪。


　　反三位一体是一种否认耶稣神性和三位一体的教义。早在公元2-3世纪，反三位一体的思想就已存在，他们都主张上帝只有一位，耶稣不具有完全的神性，不是三位一体中的第二位。科学家牛顿反对三位一体。 现在很多基督教支派都否认三位一体.


在19世纪撰写的法国《拉鲁斯百科全书》中关于认一论和三位一体的词条时写道： “三位一体的信条在《旧约》、《新约》、《使徒行传》以及这些使徒的弟子并不存在，但是却被天主教会、传统的基督教派别奉为教义信条。这两派都宣称，三位一体一直以来便为所有基督徒所接受，但是，我们手中的历史证据却显示，这个信条是如何出现、发展，并最后成为基督教会教义的。”

　　拉鲁斯百科全书又写道： “在那个时代，信仰耶稣的人性是早期教会中改宗基督教的犹太人在很长一个时期的主流信仰。拿撒勒城的基督教徒和所有由犹太人组成的基督教派中都认为耶稣只是一个受到圣灵的支持人，他们中没有任何人指责别人是宣扬异端和无神论者。这之后，随着那些偶像崇拜者的改宗基督教，才出现了一些原来没有的基督教教义。

　　在基督教认可的天主教百科全书中也承认，早期的基督徒并不知道三位一体说，这一原则是在公元四世纪才添加到基督教义中的。这套大百科全书写道： “在二十世纪后期，我们要想清楚、客观地阐释神圣的三位一体的来龙去脉、历史演进及期神学的解释，无疑是困难的。讨论三位一体就像学讨论不确定的阴影，这对于罗马天主教会和其它基督教会来说都是一样的。”

　　在另外一章中，这本天主教的大百科全书中还写道： “在公元四世纪末之前，这种后来被冠以三位一体原则之名的说法，在基督教生活和宗教仪式中从未出现过，我们在耶稣的门徒中也找不到任何与三位一体相似的思想或观念。”

　　早在18世纪，天主教就认识到三位一体是个错误的教义，但他们不敢公开这个历经1500年的爆炸性的发现。因为，一单公开，就导致整个基督宗教崩溃，所以，只能将错就错。